| 馆长(任期) | 副馆长(任期) |
| 缪荃孙 (1910.5--1911) | 徐 坊 (1910--1911) |
| 江 翰 (1912.5--1913.2) | 李四光 (1926.3--1927.8) |
| 夏曾佑 (1913--1918) | 成多禄 (1927.8--1928.5) |
| 袁希涛 (1918.1--1918.12) | 袁同礼 (1929.8--1940) |
| 傅岳棻 (1919.1--1920.8) | 王重民 (1949--1952) |
| 王章祜 (1920.8--1921.7) | 张全新 (1953.4--1963.11) |
| 马邻翼 (1921.7--1921.12) | 丁志刚 (1954.7--1984.4) |
| 陈 垣 (1921.12--1922.6) | 王一飞 (1955.7--1968.1) |
| 全绍清 (1922.6--1922.7) | 左 恭 (1955--1976) |
| 马叙伦 (1922.10--1922.12) | 嵇 直 (1961.8--1963.11) |
| 张国淦 (1922.12--1924.3) | 唐守愚 (1964.11--1965.12) |
| 傅岳棻 (1924.4--1924.10) | 刘岐云 (1965.11--1982.12) |
| 马叙伦 (1924.11--1925.3) | 鲍正鹄 (1972.12--1978.1) |
| 吕 复 (1925.3--1925.8) | 胡凡夫 (1973.11--1978.1) |
| 陈任中 (1925.8--1925.12) | 谭祥金 (1973.11--1987.12) |
| 梁启超 (1925.12--1927.6) | 杨放之 (1975--1979) |
| 郭宗熙 (1927.8--1928.5) | 李家荣 (1978.8--1987.12) |
| 马叙伦 (1929.4--1929.8) | 郭林军 (1980.5--1983.12) |
| 蔡元培 (1929.8--1940.3) | 鲍振西 (1980.12--1984.6) |
| 袁同礼 (1943--1948.12) | 谢道渊 (1983.5--1987.12) |
| 冯仲云 (1953.4--1954.9) | 胡 沙 (1983.5--1987.12) |
| 丁西林 (1954--1973) | 田大畏 (1984.4--1985.6) |
| 刘季平 (1973.11--1981.2) | 杨 讷 (1987.12--1991.2) |
| 任继愈 (1987.5--2005.1) | 杜 克 (1987.12--1991.4) |
| 任继愈 (名誉馆长，2005.1--2009.7) | 邵文杰 (1987.12--1992.3) |
| 詹福瑞 (2005.1--2009.12) | 孙承鉴 (1987.12--2000.3) |
| 周和平 (2009.12--2014.1) | 唐绍明 (1991.4--1994.4) |
| 周和平 (名誉馆长，2014.1--2017.12) | 金宏达 (1991.4--1994.7) |
| 韩永进 (2014.1--2018.8) | 孙蓓欣 (1991.4--2001.11) |
| 饶 权 (2018.8--2021.7) | 谭 斌 (1994.4--1996.7) |
| 熊远明 (2021.7--2023.7) | 周和平 (1995.1--2001.11) |
| ? | 张彦博 (2000.2--2005.9) |
| ? | 陈 力 (2001.2--2015.12) |
| ? | 杨炳延 (2001.11--2003.9) |
| ? | 张雅芳 (2001.11--2009.5) |
| ? | 张晓星 (2002.1--2004.7) |
| ? | 詹福瑞 (2003.9--2005.1) |
| ? | 张玉辉 (2006.7--2009.12) |
| ? | 常丕军 (2009.8--2013.8) |
| ? | 詹福瑞 (2009.12--2014.1) |
| ? | 王 军 (2010.11--2017.2) |
| ? | 李虹霖 (2013.7--2019.5) |
| ? | 刘惠平 (2014.5--2016.4) |
| ? | 陈 力 (2015.12--2018.7) |
| ? | 孙一钢 (2016.3--2021.4) |
| ? | 魏大威 (2009.6--2022.11) |
| ? | 张志清 (2009.6--2024.12) |
| ? | 陈 樱 (2017.12--现在) |
| ? | 汪东波 (2018.11--2023.1) |
| ? | 张 军 (2020.4--现在) |
| ? | 霍瑞娟 (2021.6--现在) |
| ? | 魏 崇 (2023.9--现在) |
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